O objetivo desse estudo é apresentar um diagnóstico organizacional do Laboratório Farmacêutico da Marinha (LFM) e do Hospital Naval Marcílio Dias (HNMD) de modo a contribuir para o planejamento estratégico dessas duas Instituições Científicas, Tecnológicas e de Inovação (ICTs) da Marinha do Brasil (MB) em relação às suas atividades de pesquisa e inovação. O trabalho caracteriza-se como estudo de caso, tendo como bases os locais mencionados. Para o desenvolvimento do estudo de caso, foram realizadas pesquisas bibliográfica e documental, assim como foram aplicados questionários. Também foram realizadas entrevistas, que serviram como complemento aos questionários. Os resultados mostram a organização e atuação dessas duas ICTs, bem como os pontos fortes, pontos fracos, as oportunidades e ameaças em relação às atividades de pesquisa e inovação a partir da elaboração de uma matriz SWOT. Observa-se que as Organizações Militares (OMs) são importantes ICTs no cenário nacional da saúde, não se restringindo somente ao âmbito militar. Por pertencerem à mesma instituição, Marinha do Brasil, possuem algumas dificuldades em comum, como restrição de pessoal e de recursos.