Doze fungos endofíticos de Physalis peruviana, selecionados previamente pelo seu potencial antimicrobiano, foram identificados por biologia molecular através da região ITS, triados quanto a sua composição química e avaliados quanto a sua atividade antimicrobiana frente a 06 patógenos humanos com resistência. Os gêneros encontrados foram: Alternaria, Aspergillus, Corynespora, Diaporthe, Fusarium, Leptosphaerulina, Neocosmospora, Pseudopithomyces e Xylaria. O extrato em acetato de etila do endofítico 1C13, associado ao caule de P. peruviana e identificado como Alternaria euphorbiicola, apresentou o menor valor de CIM para todas as quatro cepas de Staphylococcus aureus testadas (CIM ≤ 125 μg/mL) e composição química de antraquinonas, terpenos e esteroides. Devido à sua ação antimicrobiana, A. euphorbiicola 1C13 foi selecionado para cultivo em escala ampliada e fracionamento biomonitorado do seu extrato bruto frente a MRSA ATCC43300. Todas as frações obtidas da partição líquido-líquido do extrato bruto (frações em hexano, em diclorometano, em acetato de etila e aquosa) foram ativas, evidenciadas pelo método de bioautografia e microdiluição em caldo. A fração em diclorometano e em acetato de etila foram as mais ativas, ambas com valores de CIM 125 μg/mL. A fração em diclorometano, fração ativa com maior massa, foi selecionada para purificação através de coluna cromatográfica com sílica gel. 14 sub-frações foram obtidas, sendo as 10 primeiras ativas, com destaque para a sub-fração F5. A sub-fração F8, ao ser solubilizada em acetona, precipitou um sólido alaranjado, isolado 1 (22 mg), esse composto foi identificado como altersolanol A e apresentou atividade antimicrobiana frente às quatro cepas de S. aureus testadas, com CIM entre 7,8 e 31,25 μg/mL. O presente trabalho contribuiu para o melhor conhecimento da comunidade endofítica fúngica de P. peruviana e para selecionar sub-frações enriquecidas para posterior isolamento de outras substâncias ativas. Por fim, conclui-se que os fungos endofíticos de P. peruviana são uma fonte promissora de metabólitos secundários antimicrobianos frente a patógenos com resistência.