O presente trabalho é motivado por nossa experiência com ensino de Biologia nas escolas públicas. Percebemos no decorrer dos anos que os estudantes têm se mostrado desinteressados e desmotivados para a realização das atividades durante as aulas. Buscando uma solução para essa situação, recorremos ao Ensino por Investigação (AZEVEDO, 2004), no qual o estudante é envolvido em um problema científico, desempenhando um papel ativo no processo de construção do conhecimento. Dessa forma, visando melhorar o engajamento dos estudantes, em relação ao ensino e a aprendizagem de Biologia, elaboramos uma Sequência de Ensino Investigativa, inspirados pelos preceitos teóricos apresentados por Carvalho (2013) e Pedaste, et al., (2015). Na tentativa de verificar o engajamento os estudantes elaboramos e implementamos uma Sequência de Enino Investigativa (SEI) que contextualiza os impactos na flora e na fauna durante as enchentes. A implementação foi realizada com seis estudantes do 3º ano do Ensino Médio em uma Escola Pública Estadual da Cidade de Rio do Sul/SC, com o propósito de discutir os impactos na flora e na fauna de Rio do Sul, durante as enchentes. Utilizamos como ferramenta de análise: os indicadores de engajamento discutidos por (ENGLE e CONANT, 2002) e adaptados por (SASSERON e SOUZA, 2019). A pesquisa é caracterizada por ser qualitativa de Natureza Interventiva (TEIXEIRA; NETO, 2017). Para a coleta dos dados utilizamos gravações e materiais produzidos pelos estudantes durante as aulas remotas síncronas. Para a análise desses dados, todas as gravações foram transcritas e categorizadas com base no referencial dos indicadores de engajamento proposto por Engle e Conant (2019) e adaptado por (SASSERON e SOUZA, 2019). Ao concluirmos a análise das transcrições percebemos a presença dos indicadores de engajamento apontados por Sasseron e Souza (2019). Por diversas vezes foi possível observar a presença de mais de um indicador durante as falas ou a escrita nas ferramentas. Mesmo com a SEI sendo aplicada em condições adversas, devido à pandemia, ficou claro que, quando o estudante está envolvido com um problema que faz parte do seu cotidiano, o engajamento é mais evidenciado. A partir das analises foi possível planejar e elaboração de um Produto Educacional (PE) que consiste em uma Sequência de Ensino Investigativa com 12 encontros, que fomenta discussões sobre a temática Ecologia em um contexto de aulas online e também presenciais.