O presente estudo teve como objetivo investigar a influência do desvio do septo nasal (DSN) na morfologia do complexo nasomaxilar quanto a confiabilidade e precisão na marcação de pontos craniofaciais bidimensionais (2D) e tridimensionais (3D) em imagens de tomografia computadorizada de feixe cônico (TCFC), verificação de assimetrias do complexo nasomaxilar em indivíduos com diferentes níveis de DSN em estágios de maturação esquelética distintos, e analisar a associação entre o grau de severidade do DSN e o grau de assimetria do complexo nasomaxilar. Este foi um estudo observacional retrospectivo que utilizou um total de 60 TCFC alocadas em 4 grupos (n = 15) de acordo com o grau de desvio septal e maturação esquelética (DSN <10°, desvio de septo nasal leve, e DSN >10°, desvio de septo nasal moderado a severo, ambos antes e depois do surto de crescimento). A etapa de validação do estudo compreendeu a utilização de 30 TCFC e demarcação de 25 pontos craniofaciais, a fim de avaliar a confiabilidade e precisão desses pontos nas regiões nasal, palatina e facial lateral. Dois métodos foram utilizados: 2D, em cortes multiplanares de TCFC no programa CS 3D Imaging; e 3D, com a segmentação 3D do crânio com visualização simultânea dos cortes multiplanares no programa ITK Snap. Os dados das coordenadas foram analisados por meio do Índice de Correlação Intraclasse (ICC), média das diferenças entre os tempos das medições, fórmula de Dahlberg e gráficos de Bland-Altman. A análise da relação entre a anatomia do septo nasal e morfologia do complexo nasomaxilar, compreendeu a utilização de 60 TCFC e a demarcação de 23 pontos bidimensionais e, avaliados quanto a presença de assimetria flutuante, por meio da análise de Procrustes ANOVA, comparação intergrupos com o teste de Mann-Whitney, além do teste de correlação de Spearman e regressão multivariada (=0,05). Os resultados obtidos nas avaliações da reprodutibilidade dos pontos craniofaciais nos mostraram que o ICC variou de 0,95 a 1,0 no método 2D e foi maior ou igual a 0,99 no método 3D, indicando que ambos os métodos tiveram alta confiabilidade. A fórmula de Dahlberg, juntamente com Bland-Altman indicaram menor precisão nos pontos zigomáticomaxilar e orbitário no método 3D, e sutura zigomáticotemporal no método 2D. Os pontos ímpares (a maioria no plano sagital mediano) e os pontos frontozigomático temporal e frontozigomático orbital tiveram os melhores resultados de precisão. Com relação a influência do DSN e assimetrias no complexo nasomaxilar, nossos resultados principais mostraram que não foram observadas diferenças estatisticamente significativas entre as distâncias de Procrustes e Mahalanobis (assimetria flutuante) do complexo nasomaxilar entre os grupos avaliados (P>0.05). Entretanto, com os resultados da regressão multivariada, relacionado aos aspectos mais específicos de assimetria (componente assimétrico), houve uma correlação positiva entre o ângulo DSN e componente assimétrico das regiões palatinas (P=0.035 e P=0.047, média e posterior, respectivamente), e também com a forma do SN e componente assimétrico da região palatina anterior (P=0.039). Sendo assim, concluímos que, ambos os métodos 2D e 3D de marcação de pontos craniofaciais no complexo nasomaxilar e facial lateral apresentaram alta confiabilidade, entretanto, o método 2D apresentou maiores valores de precisão na maioria dos pontos avaliados. Além disso, todos os pontos avaliados neste estudo foram considerados aceitáveis para fins clínicos. Com relação a análise da anatomia do septo nasal e morfologia do complexo nasomaxilar, todos os grupos avaliados apresentaram níveis significativos de assimetria flutuante. Entretanto, não foram observadas diferenças significativas na assimetria flutuante do complexo nasomaxilar nos grupos com DSN leve em relação aos grupos com DSN moderado a severo, em ambos os estágios de maturação esquelética. Por fim, foi observada correlação positiva entre o ângulo DSN e o componente de assimetria nas regiões palatinas média e posterior e entre a forma do septo nasal e a região palatina anterior. Não foram observadas correlações significativas com as regiões nasal e lateral do complexo nasomaxilar.