Antecedentes: As doenças transmitidas por alimentos são um problema de saúde pública global, 1 de cada 10 pessoas adoecendo após ingerir alimentos contaminados todos os anos. No Brasil, Salmonella enterica sorovar Enteritidis é uma ameaça significativa na saúde publica. Bacteriófagos (fagos; vírus de bactérias), têm potencial para serem usados como métodos antimicrobianos naturais para controlar patógenos bacterianos como Salmonella spp. Objetivos: A tese tem cinco capítulos, os objetivos de cada capítulo foram: 1) Desenvolver uma revisão narrativa sobre as aplicações da terapia fágica para várias doenças infecciosas, farmacologia dos fagos, respostas imunológicas aos fagos, preocupações legais e os potenciais benefícios e desvantagens deste novo tratamento. 2) Desenvolver uma revisão sistemática e meta-análise que avaliou a eficiência de fagos patenteados como controle biológico de patógenos de origem alimentar e determinou as características físico-químicas do efeito antimicrobiano. 3) Determinar a atividade antimicrobiana de dezessete extratos vegetais, óleos essenciais comerciais, carvacrol e timol contra Salmonella ATCC 14028. 4) Descrever a caracterização fenotípica e genômica do isolado da cepa Salmonella SE3 do Rio Subaé, Santo Amaro, BA-Brasil. 5) Descrever a caracterização fenotípica e genômica do fago SF1, isolado do Rio Subaé, Santo Amaro, BA-Brasil. Determinamos a gama de hospedeiros do fago SF1 contra cepas de Salmonella e outras espécies de bactérias. Resultados: A revisão sistemática foi desenvolvida utilizando bases de artigos científicos e de patentes com critérios de inclusão e exclusão aplicados por processos automáticos e manuais. Uma meta-análise de efeitos aleatórios foi realizada e revelou: (i) efeito antimicrobiano significativo de fagos de Listeria em maçã, suco de maçã, pêra e suco de pêra (ii) efeito antimicrobiano significativo de fagos de Salmonella em ovos, maçã e frango pronto para cozinhar, (iii) nenhuma heterogeneidade foi identificada em qualquer meta- análise, (iv) viés de publicação foi detectado em fagos de Listeria, mas não em fagos de Salmonella. (v) Os fagos ListShield e Felix01 apresentaram o melhor resultado para o controle biológico de Listeria e Salmonella, respectivamente, (vi) concentração de fago e 2 bactéria, tempo e alimento tiveram efeito significativo no controle biológico de Listeria, (vii) temperatura e tempo tiveram efeito significativo sobre a atividade antimicrobiana de fagos de Salmonella. Além disso, a atividade antibacteriana de 17 plantas da região semiárida do nordeste do Brasil, os extratos foram macerados usando hexano, acetato de etila e etanol para produzir 51 extratos. Foram avaliados seis óleos essenciais produzidos comercialmente e os óleos essenciais de Croton heliotropiifolius (obtido por hidrodestilação), timol e carvacrol contra Salmonella por meio de abordagens in vitro. O óleo essencial de botão de cravo e o timol mostraram atividade contra Salmonella na concentração de 1mg/ml. Salmonella SE3 foi isolada do solo do Rio Subaé em Santo Amaro, Brasil, região contaminada com metais pesados e resíduos orgânicos. A montagem de sequenciamento híbrido de novo de Salmonella SE3 empregando o sequenciamento Illumina HiSeq e o sequenciamento de genoma inteiro ONT MinION rendeu 10 contigs e mostrou 99,98% de identidade com Salmonella enterica subsp. enterica sorovar Enteritidis OLF-SE2-98984-6. Doze ilhas patogênicas de Salmonella, múltiplos genes de virulência, múltiplos genes de resistência antimicrobiana, sete sistemas de defesa, sete profagos e um gene de resistência a metais pesados (arsC) foram identificados. A análise do pangenoma do clado S. enterica, incluindo SE3, revelou um pangenoma aberto, com um genoma central de 2.137 genes. O genoma acessório compreendeu 3.390 shared genes e 69.352 singletons genes. Além disso, o fago SF1 foi isolado e caracterizado, o genoma dele foi sequenciado nas plataformas ONT MinION e Illumina Hiseq, três montagens genômicas a partir das sequências do MinION, Hiseq e MinION + Hiseq (montagem híbrido) foi obtidas, os genomas foram anotados e analisados, e seus genomas foram comparados com o fago Salmonella de referência. A montagem do MinION apresentou os melhores resultados. Além disso, não foram identificados genes de ciclo lisogênico, resistência antimicrobiana e virulência em nosso trabalho. O fago SF1 mostrou atividade contra vinte e sete cepas: Salmonella var. Enteritidis, Salmonella var. Typhimurium, Salmonella var. Minnesota, Shigella flexneri, Escherichia coli, Escherichia cloacae, Escherichia fergusonii, Citrobacter europeus, Citrobacter freundii, Corynebacterium pseudotuberculosis, Corynebacterium striatum, Glutamicibacter creatinolyticus, Klebsiella oxytoca, Listeria monocytogenes e Rodococos iaqui. 3 Conclusões: Em resumo, avaliamos a eficiência de fagos previamente patenteados como controle biológico de frutas e hortaliças e carnes. A maioria dos extratos de produtos naturais testados neste estudo não apresentou atividade antimicrobiana significativa contra Salmonella enterica subsp. Typhimurium ATCC 14028. No entanto, o óleo essencial de botão de cravo e o timol mostraram atividade contra Salmonella na concentração de 1mg/ml. Por outro lado, mostramos a eficácia de uma abordagem de montagem híbrida (HiSeq e MinION) para análise do genoma de Salmonella SE3. A montagem do genoma híbrido permitiu a identificação de genes de virulência e resistência, elementos genéticos móveis e análise de pangenoma. No entanto, a plataforma MinION apresentou a melhor montagem para o fago SF1. Dois receptores foram identificados: receptor de proteína da cauda. A gama de hospedeiros do fago SF1 mostrou atividade contra 27 cepas. O fago SF1 mostrou ser um fago polivalente.