A inclusão dos estudantes com deficiência na educação superior no Brasil é relativamente recente, potencializada pela atuação de movimentos sociais nacionais e internacionais a partir da década de 1980. Essa democratização do acesso deve compreender, para além do aumento do número de vagas, a implantação de políticas públicas para atendimento das necessidades específicas desses alunos, viabilizando sua permanência neste nível de ensino. A pandemia de COVID-19, declarada pela Organização Mundial da Saúde (OMS) em março de 2020, afetou os sistemas educacionais do mundo todo e ampliou os desafios para inclusão e permanência dos discentes com deficiência na educação superior. Nesse cenário, a presente pesquisa tem como objetivo geral explorar as ações adotadas por universidades federais de Mato Grosso do Sul para a permanência dos educandos com deficiência durante a referida pandemia. Para isso, foram propostos os seguintes objetivos específicos: a) compreender as políticas de inclusão de alunos com deficiência na educação superior brasileira; b) identificar a produção científica nacional e os registros institucionais de universidades públicas relacionados à permanência de estudantes com deficiência na educação superior no cenário da pandemia de COVID-19; c) perscrutar as estratégias desenvolvidas pelas universidades federais no Mato Grosso do Sul para garantir a permanência dos estudantes com deficiência no contexto pandêmico. Trata-se de uma investigação exploratória, com abordagem qualitativa, cujo objeto de estudo foram as ações praticadas pela Universidade Federal da Grande Dourados (UFGD) e pela Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS). O estudo de levantamento foi realizado mediante entrevista semiestruturada com participantes indicados pelas instituições e analisou-se quatro eixos analíticos: financiamento, acessibilidade tecnológica, suporte pedagógico e desafios durante e após a pandemia. No eixo financiamento, constatou-se que os recursos utilizados foram os oriundos do Programa Nacional de Assistência Estudantil (PNAES) e do Programa Incluir; no eixo que trata da acessibilidade pedagógica, concluiu-se que as instituições disponibilizaram algum recurso facilitador de aprendizagem; no eixo referente ao suporte pedagógico, identificou-se que as instituições viabilizaram, de diferentes maneiras e níveis, apoio às atividades acadêmicas; e no último eixo observou-se que o principal desafio foi a dificuldade de acesso à internet. Os resultados mostraram que as universidades federais de Mato Grosso do Sul, embora não tenham sistematizado os dados com as necessidades específicas dos discentes com deficiência, buscaram, em um contexto desafiador e de emergência de saúde pública, construir possibilidades para a permanência dos estudantes com deficiência durante a pandemia de COVID-19.