O Centro de Recursos Biológicos Johanna Döbereiner - CRB-JD, é uma coleção de cultura pertencente ao Centro Nacional de Pesquisa em Agrobiologia (CNPAB), existe oficialmente desde 1960, é mundialmente reconhecida por manter alta diversidade de bactérias fixadoras de nitrogênio, além de conter espécies microbianas que têm potencial para serem utilizadas em benefício da sociedade brasileira. Hoje sua coleção abriga cerca de (53) leveduras, (64) fungos filamentosos, (6060) bactéria de diversos gêneros. Grande parte da Coleção foi identificada utilizando características bioquímicas e morfológicas. Entretanto, ainda faltam informações taxonômicas das cepas, baseadas em métodos moleculares em análise de genomas aceitos atualmente. Em vista disso, o presente trabalho se propôs, através de análises moleculares caracterizar uma parte do acervo de sua coleção de germoplasma para o gênero Azospirillum e Nitrospirillum. Ambos os gêneros possuem rizobactérias promotoras de crescimento de plantas com capacidade de fixar nitrogênio atmosférico e de produzir compostos benéficos para as plantas e estão presentes em diferentes condições edafoclimáticas. As análises moleculares foram baseadas em caracterizações combinadas de filogenética (16S rRNA, uso de genes housekeeping); genômica (identidade de média de nucleotídeos (ANI) com valores de circunscrição de 96% e hibridização digital de DNA-DNA (dDDH) linha de corte de 70%, core proteoma). As análises funcionais definidas apenas para espécie de Azospirillum, as quais forma baseados em caraterização fenotípicas e bioquímicas. Este trabalho originou duas propostas de reclassificações taxonômicas, definidas como Azospirillum baldaniorum Sp245T e Azospirillum argentinense Az39T, anteriormente classificadas como espécies pertencentes a Azospirillum brasilense. Além da classificação filogenética de cepas do gênero Azospirillum e Nitrospirillum, evidenciando a elevada diversidade entre estirpes das espécies de ambos os gêneros, sugerindo a existência de novas espécies e adicionamento de informações no banco de dados desta coleção de cepas classificadas equivocadamente pertencente a outros gêneros.