A história das migrações é marcada pela atração ou repulsão de seus agentes, os migrantes, por parte dos Estados. Em contextos de epidemia ou pandemia chegam até mesmo a serem vistos como vetores de doenças. Tais percepções acabam por impactar diretamente no processo de integração e de desenvolvimento escolar desta população no país de acolhida. Diante deste cenário, o objetivo principal deste trabalho é verificar o quanto a pandemia de COVID-19 afetou a rotina escolar dos alunos migrantes e refugiados, matriculados em escolas do Rio de Janeiro. Para alcançar este objetivo verificamos como o distanciamento social intensificou desigualdades e preconceitos presentes no contexto escolar e na relação dos alunos migrantes com os colegas nacionais. Como metodologia foram feitas revisões bibliográfica e documental, aplicação de questionários, entrevistas com os alunos estrangeiros e nacionais, pais, professores e direção, bem como órgãos públicos e instituições que lidam diretamente com migrantes e refugiados. Isto possibilitou a percepção das dificuldades para a integração e para o processo educativo.