A hanseníase é uma doença infecto contagiosa crônica ocasionada pelo Mycobacterium leprae que se caracteriza clinicamente por um amplo espectro de sinais e sintomas dermatoneurológicos. A transmissão do M. leprae ocorre principalmente através das vias aéreas superiores, sendo o convívio prolongado com pacientes bacilíferos a principal forma de aquisição do patógeno. O contato com casos de hanseníase dispersos na comunidade aumenta o risco de adoecimento em indivíduos susceptíveis. Nesse sentido, a fim de avaliar a aplicabilidade das ferramentas laboratoriais atuais, o presente trabalho avaliou 171 casos de hanseníase e 126 comunicantes. A detecção do gene RLEP pela qPCR foi a técnica que melhor identificou os doentes (89,47%), seguido pela titulação de anticorpos anti-ND-O-HSA (55,5%) e, por fim, a baciloscopia (39,7%). Como as ferramentas laboratoriais utilizadas até o momento possuem limitações, o presente trabalho se propôs a realizar também uma investigação global dos mRNAs alterados em amostras de pele com alterações macroscópicas, microscópicas e moleculares decorrentes da hanseníase, com a finalidade de compreender melhor os processos biológicos alterados no desenvolvimento da doença e, assim, identificar alvos em potencial que possam ser utilizados como assinaturas moleculares. Analisando o perfil de expressão de mRNA, foram identificados 894 genes com expressão alterada, sendo 149 suprimidos e 745 aumentados. Separando os genes que se destacam exclusivamente em cada polo da doença, foi possível identificar candidatos para o diagnóstico do polo lepromatoso da hanseníase, sendo FKBP5 e ZBED2 genes com expressão aumentada e CHRM4, CLDN23 e MAST1 com expressão diminuída. Nós observamos que o sistema imunológico é alterado em ambos os grupos, porém, por mecanismos imunológicos completamente distintos. No polo TT há predomínio dos processos de ativação da imunidade celular, enquanto no polo LL houve preponderância na resposta imune associada ao sistema complemento. Por fim, a associação entre as abordagens de mRNA, miRNA e piRNA identificou correlação entre 1) mRNA e miRNA (genes ITGA5, ICAM1 e IFNG) nos processos vinculados à ativação/recrutamento leucocitário e à entrada do M. leprae na célula hospedeira, e 2) entre mRNA e piRNA (gene KCNMA1) no controle da excitabilidade neural que pode cursar com o dano ou proteção neural.