As metodologias utilizadas para formação de futuros professores de ciências são importantes para poder refletir numa sociedade alfabetizada cientificamente. Nesse contexto, esse trabalho investigou as contribuições para a formação inicial de professores de ciências, de experiências com a construção de propostas metodológicas inovadoras para a abordagem do tema vacinas. A metodologia de ensino proposta, considerada inovadora devido possuir aspectos que tornam o aluno protagonista de seu aprendizado, utilizou como base as estratégias da Ilha Interdisciplinar de Racionalidade e a Sequência de Ensino Investigativo, articulando discussões com ênfase na interação Ciência, Tecnologia e Sociedade, para a promoção da alfabetização científica e tecnológica e o desenvolvimento de atitude investigativa. O tema vacinas se justifica pelo fato de muitas pessoas, na atualidade, desacreditarem na sua eficiência e se constituir em uma das barreiras como a Fake News que disseminam notícias falsas e atrapalham as campanhas de prevenção de doenças em meio à sociedade, o que implica na inserção de discussões dessa natureza na formação inicial de professores de ciências. A pesquisa foi realizada com os futuros professores do curso de Licenciatura em Ciências Biológicas, da Universidade Tecnológica Federal do Paraná, município de Ponta Grossa, Paraná, matriculados na disciplina Fundamentos Teóricos e Metodológicos para o Ensino de Ciências, no semestre 2022/2, ofertada em modo presencial. Sendo este estudo de natureza exploratória, tem o intuito de desenvolver, esclarecer e modificar conceitos, a partir de uma abordagem qualitativa e com aspectos quantitativos, buscando o aperfeiçoamento do processo de ensino-aprendizagem. A investigação se iniciou com pesquisas bibliográfica e documental, e na intervenção pedagógica, a coleta dos dados ocorreu a utilização de gravação em áudio e questionário único. Os resultados obtidos com essa pesquisa se mostraram relevantes para o processo de formação inicial de professores, contribuindo com a alfabetização cientifica e tecnológica, trabalho em grupo e perda da insegurança. Por fim, o produto educacional desta pesquisa abrange a organização de um conjunto de sequências didáticas para abordagem do tema vacinas em ciências, elaboradas pelos futuros professores com uso desta nova metodologia. Desta forma, é possível considerar que metodologias diferenciadas no ambiente escolar proporcionam a participação ativa dos alunos, tornando as aulas de ciências mais prazerosas, além da formação científica e cidadã necessária para viver socialmente.