É comum a utilização de modelos como estratégia didática de ensino, entretanto, esta estratégia geralmente não é abordada de forma problematizadora, tal como preconizado no Ensino por Investigação. Admitindo que a finalidade do ensino de ciências seja a Alfabetização Científica, o objetivo deste trabalho consiste em analisar como o uso da Aprendizagem Baseada em Modelos contribui para a aprendizagem sobre vacinas e suas implicações na Alfabetização Científica. Para tal, foram realizadas duas sequências de ensino investigativo, sendo uma planejada com o uso de modelos e a outra não. As sequências foram aplicadas a estudantes do 7° ano de uma escola municipal de Praia Grande, estado de São Paulo. Para analisar os dados qualitativos foram utilizados como categorias de análise os indicadores de Alfabetização Científica propostos por Sasseron e Carvalho. Os resultados apontam que o uso de modelos, em uma abordagem investigativa, favorece maior engajamento dos estudantes, promovendo mais interações discursivas sobre o tema em sala de aula, possibilitando evidenciar a manifestação de indicadores de alfabetização científica. Como produto educacional foi elaborada uma proposição de Sequência de Ensino Investigativo sobre vacinas com o uso de uma a Abordagem Baseada em Modelos.