Este estudo teve como objetivo analisar se a autorregulação do desempenho do salto horizontal (HJ) usando diferença individual mínima (MID) poderia ser usada para regular a carga de treinamento em jovens jogadores de futebol. Dezenove jovens jogadores brasileiros foram divididos em grupo regulamentado (GP) e grupo controle (GC). Após um período de familiarização, a confiabilidade do HJ foi quantificada para determinação do MID. O estudo determinou o MID após um período de familiarização para regular o treinamento neuromuscular do GP ao longo de seis semanas, contrastando com o treinamento pré-planejado do GC. As métricas de desempenho incluíram salto com contramovimento (CMJ), HJ, teste de sprint (10m e 30 m) e velocidade máxima de corrida no Teste de Fitness Intermitente 30–15 (V-IFT). Estes foram avaliados no início do treinamento (T0), no meio do treinamento (T1) e pós-intervenção (T2). A carga interna foi medida por meio da classificação de esforço percebido (PSE) e variáveis como PSE agudo, PSE de monotonia e PSE de deformação. No início, ambos os grupos apresentavam níveis de desempenho comparáveis. O GP apresentou melhora significativa no HJ em T2 (T2 > T0; p = 0,042, ES = moderado), enquanto ambos os grupos melhoraram no V-IFT em T1 (p < 0,001, ES = moderado-grande) e T2 (p < 0,001, ES = moderado). O GP apresentou mais saltos totais durante o treinamento que o GC (p = 0,007, ES = grande). Concluindo, o treinamento autorregulado baseado no desempenho do HJ levou a melhores melhorias na distância do HJ para o GP em comparação ao treinamento tradicional. Os resultados sugerem que os treinadores e investigadores devem considerar a autorregulação baseada no desempenho do HJ para adaptar e individualizar as cargas de treino e melhorar as capacidades físicas dos jovens jogadores de futebol.