Esta pesquisa de abordagem qualitativa, tipo intervenção pedagógica, foi desenvolvida no município de Piranhas-Goiás com estudantes do 4º ano do Ensino Fundamental/ anos iniciais, da Escola Municipal Militarizada Gercina Teixeira. Teve como objetivo geral, apresentar uma Sequência Didática que envolve o eixo temático “microrganismos”, no intuito de abordar a Alfabetização Científica, com a Perspectiva da Educação CTS no Ensino Aprendizagem de Ciências. Buscou-se responder à questão principal: como se caracteriza a Alfabetização Científica, por intermédio de uma Sequência Didática, na perspectiva da Educação CTS, para o Ensino de Ciências? A elaboração da pesquisa foi calcada nos moldes dos eixos estruturantes da Alfabetização Científica pela Educação CTS, o ensino e a aprendizagem de Ciências. A aplicação de um questionário inicial e final objetivou avaliar o desenvolvimento dos discentes sobre a temática microrganismos na perspectiva da Educação CTS. Nesta intervenção foram aplicadas, aos estudantes, diversas e variadas atividades pedagógicas entre aulas teóricas e práticas. As teóricas ocorreram a partir de discussão de textos, escrita, desenhos, vídeos na escola campo. E as três últimas aulas foram práticas e aconteceram no laboratório de Ciências Naturais do CEPI Maria Eulália de Jesus Portilho quando além das atividades elencadas nas aulas teóricas, houve também experimentos com contaminação de objetos. As análises realizadas mostraram a evolução dos estudantes na Educação CTS, com o aprendizado relacionado aos microrganismos tais, como: fungos, vírus e bactérias. Desenvolveu-se o Produto Educacional, “a vida secreta dos microrganismos: uma sequência didática para promoção da alfabetização científica", em uma Sequência Didática realizada a partir dos conteúdos de Ciências da Natureza previstos no currículo, para auxiliar no desenvolvimento do ensino e da aprendizagem de Ciências na Perspectiva da Educação CTS.