INTRODUÇÃO: A amiloidose transtirretina é uma doença sistêmica caracterizada pelo acúmulo da proteína amiloide em diversos órgãos e tecidos, incluindo o trato digestivo e o coração. Disautonomia e depósitos amiloides no parênquima digestivo podem provocar disbiose. De outro modo, hipoperfusão e edema determinados pela insuficiência cardíaca também podem contribuir para alterações do microbioma intestinal. OBJETIVO: Identificar a composição do microbioma intestinal em pacientes com amiloidose transtirretina com e sem acometimento cardíaco e em voluntários sem amiloidose. Correlacionar os grupos taxonômicos encontrados com escore de sintomas gastrointestinais, genótipo, ecocardiograma e marcadores laboratoriais. MÉTODOS: Foram incluídos 60 participantes, 20 com amiloidose transtirretina com acometimento cardíaco (G1) e outros 19 sem cardiopatia (G2), e 21 controles que coabitam com os doentes (G3). Todos os 60 participantes tiveram o perfil do microbioma obtido por sequenciamento do gene 16S rRNA (Illumina® Miseq) e responderam ao questionário clínico de sintomas gastrintestinais. Para os 39 doentes também foram avaliados dados de ecocardiograma, teste de caminhada de seis minutos, dosagens de troponina e BNP, e genótipo. RESULTADOS: G1 e G2 apresentaram os grupos Streptococcus, Lachnospiraceae UCG-003 e Sellimonas diferencialmente abundantes quando comparados ao G3, enquanto nos controles destacou-se a maior abundância relativa de Methanosphaera. Streptococcus esteve associado a maiores níveis de troponina. Lachnospiraceae UCG-003 associou-se a menores níveis de BNP e menores volumes do átrio esquerdo. Já Sellimonas esteve associada a maior escore de sintomas intestinais, enquanto Methanosphaera a sintomas intestinais menos intensos. Maiores níveis de troponina, genótipo alterado e pior desempenho no teste de caminhada estiveram associados a Intestinimonas. CONCLUSÃO: Pacientes com amiloidose transtirretina apresentaram perfil do microbioma intestinal distinto dos controles e houve correlação com parâmetros ecocardiográficos, biomarcadores de necrose e IC, genótipo sintomas gastrintestinais e teste de caminhada de 6 minutos.