Essa dissertação intitulada Desafios do Ensino de Ciências na Perspectiva dos Professores dos Anos Finais do Ensino Fundamental e suas Relações com as Avaliações Externas procura mostrar os desafios atuais para o ensino de Cências do ponto de vista de dez professoras de Ciências da rede Municipal de Educaçao do Rio de Janeiro e como se enquadram as avaliações externas, como PISA e SAEB, nesse contexto. Para tanto, foi realizado, primeiramente, estudo bibliográfico com autores que dialogassem com o tema da pesquisa e fornecessem arcabouço necessário para a construção do questionário semiestruturado. A Análise de Conteúdo das respostas ao questionário permitiu concluir que as maiores dificuldades estão na infraestrutura atual das escolas que não permitem um trabalho diferenciado e empríco, que viabilizariam o desenvolvimento da conhecimento científico. O fato de as professoras não conhecerem profundamente os indicadores de educação em que estão pautadas as avaliações também parece mostrar que outros aspectos no alunado e na aprendizagem são mais relevantes no cenário brasileiro.