A demanda por uma formação integral e cidadã depende de uma educação científico-tecnológica que capacita os jovens para transformar a si próprios e a sociedade. Embora o atendimento desse pleito dependa dos conhecimentos da Biologia, as recentes políticas e reformas educacionais têm desvalorizado e esvaziado o ensino desse componente curricular no Ensino Médio. Frente a essa realidade, é que se propõe a criação de Clubes de Biologia, inspirados nos Clubes de Ciências, como um ambiente não formal de defesa da Biologia por meio da promoção da alfabetização científica pautada por uma didática de ensino por investigação. Logo, diante da necessidade de mais tempo e um espaço direcionado à formação científico-biológica dos estudantes, esta pesquisa estabeleceu como objetivo estudar os processos de implementação de um Clube de Biologia e discutir seu potencial na promoção da alfabetização científica mediante a abordagem investigativa focada no protagonismo dos clubistas. Visto que a implantação de um Clube de Biologia exige um projeto cuidadoso e consistente, envolvendo uma instituição educacional, mediador e clubistas, a pesquisa bibliográfica resultou na produção de um guia, no formato e-book, adaptável à realidade do público-alvo, contendo as diretrizes essenciais, as fundamentações teóricas e didáticas, as etapas de implantação e os documentos necessários para contribuir na solução dos desafios e disseminar a iniciativa dos clubes. A primeira metade do guia dedica-se à identidade e à fundamentação do clube quanto ao objetivo e à metodologia pedagógica, enquanto a segunda parte foca na implementação do clube, detalhando os passos, a estrutura, os documentos, a interação mediador-clubistas e os instrumentos para o monitoramento do projeto e a avaliação das intenções e dos resultados do clube. Assim, considera-se que o guia no formato de e-book contribuirá para a divulgação da proposta de Clubes de Biologia, visando à disseminação da alfabetização científica e à formação de jovens protagonistas.