Um problema recorrente na indústria de chocolate é a baixa qualidade das amêndoas de cacau, o que influencia o flavor do chocolate. Uma possibilidade de remediar este problema é a aplicação de enzimas exógenas comerciais sobre as amêndoas de cacau de baixa qualidade (ardósias). Esse trabalho propôs a detecção e seqüencimento, por espectrometria de massas, dos peptídeos presentes em ardósias submetidas ao tratamento com enzima microbiana proposto por Oliveira et al. (2011). Associado às análises de peptídeos foi feito um estudo da concentração de fenólicos e atividade antioxidante já que a redução de fenólicos nas etapas de processamento do cacau é conhecida por causar redução da adstringência e amargor contribuindo para a formação de compostos importantes para o flavor de chocolate. Os resultados indicam que embora o padrão qualitativo dos aminoácidos hidrofóbicos presentes na mistura de peptídeos responsáveis pelo flavor de chocolate seja mais importante que o padrão quantitativo, a presença dos aminoácidos leucina, alanina, fenilalanina e tirosina em proporções adequadas é essencial para a obtenção do flavor desejado. O tratamento proposto causou redução na concentração de fenólicos, o que é desejável para o flavor de chocolate, e na atividade antioxidante. De modo geral, o perfil de peptídeos, o teor de fenólicos e a atividade antioxidante das ardósias tratadas se assemelhou muito mais das amêndoas de boa qualidade do que das amêndoas de baixa qualidade sugerindo a eficiência do tratamento proposto. Pesquisas do mercado e tendências futuras indicaram condições interessantes à difusão do tratamento proposto nas indústrias de processamento.