O objetivo deste estudo foi selecionar linhagens de Saccharomyces cerevisiae isoladas do mosto fermentado de uvas (Vitis vinifera L.) cultivadas no Vale do Submédio do São Francisco (VSF), como iniciadoras do processo fermentativo na elaboração de vinhos. Foram obtidos 368 isolados, sendo 259 S. cerevisiae e 109 não-Saccharomyces. Por meio da análise de restrição do DNA mitocondrial (RFLP-mtDNA) foi possível identificar 184 S. cerevisiae indígenas e 75 representando linhagens comerciais. Foram encontrados 22 perfis de RFLP-mtDNA nas S. cerevisiae indígenas comparadas com as seis leveduras comerciais de S. cerevisiae mais utilizadas no VSF. Das 184 S. cerevisiae indígenas, 46 não produziram H2S. Microfermentações de 80 S. cerevisiae indígenas e seis comerciais foram realizadas em mosto sintético. No final da fermentação alcoólica foram determinados os compostos secundários produzidos e o consumo de açúcares. A partir desses resultados, nove linhagens indígenas de S. cerevisiae foram selecionadas. Além dessas, duas S. cerevisiae comerciais foram utilizadas para a produção dos vinhos em pequena escala. A fermentação espontânea também foi realizada para a produção da bebida. Os parâmetros fermentativos das leveduras foram semelhantes durante a produção dos vinhos. Trinta e quatro compostos voláteis foram identificados, sendo que os vinhos 3 e 8 apresentaram melhores concentrações dos compostos aromáticos frutados. O composto volátil 2-fenil-etanol (aroma floral, rosas) foi produzido em concentração elevada nos vinhos 7, 8 e 9, muito acima dos demais vinhos. Essas linhagens podem, no futuro, ser utilizadas na produção dos vinhos do VSF contribuindo para a tipicidade das bebidas da região.