O único bioma exclusivamente brasileiro, representado pela Caatinga, é cenário de grandes endemismos e de espécies bem adaptadas às condições extremas ofertadas neste ambiente. O gênero Jatropha possui ampla distribuição nesta zona, que carece de estudos mais específicos a respeito da sua diversidade e das possíveis relações entre a geografia e os padrões genéticos interpopulacionais. Nesse sentido, os objetivos centrais deste trabalho estão no âmbito da criação, caracterização e manutenção de um Banco Ativo de Germoplasma (BAG) de Jatropha, identificação de marcadores moleculares plastidiais e nucleares potencialmente informativos para estudos em J.mollissima, além da caracterização da diversidade e filogeografia da mesma espécie. Para tanto, foram utilizadas analises biométricas no BAG, estudos de diversidade genética e de polimorfismos em diferentes classes de marcadores( ITS, SSRs e cpDNA), analise de estrutura populacional, teste de isolamento por distancia (IBD), estimativa de taxas de migração, fluxo gênico, tamanho efetivo populacional e construção de arvores medianjoining, datação molecular e analises demográficas. O presente trabalho representa um grande avanço nas pesquisas com plantas selvagens, sendo o primeiro estudo divulgado utilizando uma espécie endêmica da Caatinga, semiárido brasileiro, e por isto espera-se que os resultados aqui apresentados possam servir de base para uma melhor compreensão dos padrões de colonização, dispersão e diversificação de J.mollissima, indicando pistas de como ferramentas moleculares podem auxiliar na busca pela historia demográfica da espécie, que tem influencia direta nos padrões de distribuição atuais, além de representar uma iniciativa concreta de conservação ex situ da riqueza genética do gênero.