Este trabalho tem como objetivo analisar os resultados alcançados nos projetos de pesquisas dos alunos do Ensino Médio, de modo a identificar os saberes profissionais dos professores ao orientarem esses trabalhos. De modo mais específico, esta pesquisa atende aos seguintes propósitos: (i) analisar de quais saberes os professores da área de ciências humanas se apropriam ao orientar os projetos científicos de estudantes do Ensino Médio; (ii) compreender de que forma o professor concebe a pesquisa científica e sua preparação para exercê-la, bem como as condições e os estímulos para a sua realização; e, (iii) investigar as dificuldades que professores enfrentam para orientar os projetos científicos. O estudo desenvolvido parte de uma reflexão sobre o processo de orientação e de acompanhamento dos projetos de iniciação científica que fazem parte das atividades do Ensino Médio em escolas públicas do Oeste Potiguar. A discussão teórica sobre os saberes e sua importância para a formação humana se apoia nos estudos de Tardif (2013), Charlot (2013), além de outros, fazendo uma discussão sobre os projetos de feiras científicas no Brasil e no estado do Rio Grande do Norte. O estudo se caracteriza nos princípios da pesquisa qualitativa, utilizando com instrumento de coleta de dados a análise de documento e a aplicação de um questionário junto a três professores e oito alunos envolvidos no Projeto de Iniciação Científica para a realização da Feira de Ciências de duas escolas que compõem a jurisdição da 13ª Diretoria Regional de Educação e Cultura, sediada em Apodi/RN. Com os dados analisados, identificamos que o trabalho de orientação dos projetos não é feito apenas com os saberes acadêmicos construídos pelo professor na Universidade, havendo recorrência a outros sabres, quais sejam: experienciais, empíricos, científicos e outros. O trabalho pedagógico, por meio dos projetos de iniciação científica, permite uma maior articulação entre alunos e professores e, ao mesmo tempo, possibilita uma mobilização para o processo de ensino e de aprendizagem, conforme indicam os colaboradores. A pesquisa aponta para a importância da realização das feiras de ciências nas escolas, não como uma atividade desarticulada das questões sociais, mas como uma estratégia pedagógica que permite ao aluno a discussão das problemáticas locais no contexto da escola.