Celulases são enzimas degradadoras de celulose produzidas por diversos microrganismos sendo os fungos filamentosos um dos principais produtores. Estão diretamente envolvidas na degradação da parede celular vegetal, o que permite sua vasta aplicação em diversos segmentos industriais como a indústria alimentícia e de biocombustíveis. Resíduos lignocelulósicos, como o bagaço-de-cana, são abundantemente produzidos no Brasil e estão disponíveis para utilização biotecnológica. Celulases na forma recombinante têm se mostrado mais estáveis do que as enzimas selvagens, favorecendo seu potencial uso em aplicações agroindustriais. Baseado nisso, esse trabalho teve por objetivo a caracterização molecular e estrutural de endoglucanases de Moniliophthora perniciosa. As etapas foram: ativação e cultivo do M. perniciosa em diferentes meios de cultura indutores de celulases; extração do RNA e amplificação do produto referente à expressão de duas endoglucanases por diferentes métodos; modelagem molecular por homologia e construção da estrutura 3D apresentando o motivo catalítico de ambas as sequências obtidas. O meio WY foi o melhor para indução de celulases, o meio BDA para cultivo e ativação e o meio batata para a reativação do fungo. Kits comerciais mostraram-se mais favoráveis que o método do trizol para obtenção de RNA com qualidade e pureza que propiciaram a síntese de cDNA, comprovada pela amplificação dos fragmentos específicos relativos às endoglucanases. A descrição da estrutura tridimensional das duas endoglucanases demonstrou que ambas as sequências proteicas têm enovelamento e motivo catalítico típicos de endoglucanases de fungos, mostrando-se favoráveis para produção recombinante como ferramenta para futura aplicação no aproveitamento de resíduos lignocelulósicos.