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Dados do Trabalhos de Conclusão

UNIVERSIDADE ESTADUAL DE FEIRA DE SANTANA
BIOTECNOLOGIA (28002016006P3)
Educação Presencial
De novo design e simulação de dinâmica molecular para identificação de inibidores frente à pantotenato sintetase do Micobacterium tuberculosis
TAYLANE DA SILVA ARAUJO
DISSERTAÇÃO
22/03/2018

A tuberculose é a doença infecciosa que mais mata no mundo. Em 2016 foram relatados mais 10,4 milhões de novos casos. A grande preocupação emergente desta doença são as cepas resistentes e extensivamente resistentes, que possuem tratamento pouco eficaz e complexo. Com isso há necessidade da inserção de novos fármacos. Com o objetivo de identificar novos inibidores inéditos para a pantotenato sintetase (PS), a técnica de novo design consistiu em criar moléculas com características específicas de inibidores e com atividade frente a PS. Em sequência, o banco teórico foi submetido à triagem virtual baseada no ligante através de alinhamento em modelo farmacofórico e posteriormente as moléculas filtradas foram submetidas a triagem virtual baseada no receptor através do acoplamento molecular. De 7.644 moléculas que foram geradas pelo de novo design e filtradas pela triagem virtual, a molécula que obteve a melhor pontuação foi submetida a uma simulação de dinâmica molecular (DM) de 50ns no GROMACS. Foi possível observar que o número de interações do complexo (pantotenato sintetase e molécula teórica) após a simulação da DM mostrou que houve aumento de mais de 50%. Em particular, uma importante interação π em forma de T, foi detectada entre o resíduo Phe136 da proteína e um anel aromático do ligante.

Pantotenato sintetase;de novo desing;modelo farmacofórico;acoplamento molecular;dinâmica molecular
Tuberculosis is the infectious illness that kills most people in the world. In 2016 were reported 10,4 million new cases. The major emerging concerns of this disease are resistant strains and extensively resistance, which have little effective and complex treatment. In this manner, insertion of new drugs is priority. In order to identify novel inhibitors for pantothenate synthase (PS), de novo design was employed to create molecules with specific characteristics for PS inhibition. This theoretical database was subjected to dual consecutive virtual screening (VS) procedures, a ligand-based through pharmacophore model, followed by a structure-based through molecular docking. From 7,644 molecules built in de novo desing and selected in VS, the top ranked molecule identified was subjected to 50ns molecular dynamics (MD) simulation in GROMACS. It was observed that the number of complex interactions (pantothenate synthase with top theoretic ligand) after MD simulation showed an increase upper than 50%. In particular, an important T-shaped π-stacking interaction was detected between Phe136 protein residue and one of the ligand aromatic rings.
Pantothenate synthetase;de novo desing;pharmacophore model;molecular docking;molecular dynamics
01
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PORTUGUES
UNIVERSIDADE ESTADUAL DE FEIRA DE SANTANA
O trabalho não possui divulgação autorizada

Contexto

BIOTECNOLOGIA COM ÊNFASE EM RECURSOS NATURAIS DA REGIÃO NE
ANÁLISE ESTRUTURAL E FUNCIONAL DE MACROMOLÉCULAS DE MICRORGANISMOS, ANIMAIS E PLANTAS COM POTENCIAL BIOTECNOLÓGICO
Caracterização estrutural e funcional de genes e proteínas de microrganismos, animais e plantas com potencial biotecnológico

Banca Examinadora

MANOELITO COELHO DOS SANTOS JUNIOR
DOCENTE - PERMANENTE
Sim
Nome Categoria
HUMBERTO FONSECA DE FREITAS Participante Externo
ALEX GUTTERRES TARANTO Participante Externo

Financiadores

Financiador - Programa Fomento Número de Meses
FUND COORD DE APERFEICOAMENTO DE PESSOAL DE NIVEL SUP - Programa de Demanda Social 24

Vínculo

Colaborador
Instituição de Ensino e Pesquisa
Ensino e Pesquisa
Sim
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