O Brasil tem se conscientizado de que não está imune aos riscos e ameaças inerentes as relações internacionais. Sendo assim, o domínio de tecnologias críticas e em setores estratégicos é a garantia de se obter a efetiva independência. Para tal, o Governo Federal tem investido em projetos de Pesquisa e Desenvolvimento (P&D). No entanto, os recursos públicos, por vezes escassos, precisam ser muito bem investidos, e as tomadas de decisão pelos gestores de alto nível precisam estar alinhadas com os objetivos estratégicos da instituição e devem ser pautadas em métodos não subjetivos. Nesse contexto, a Análise Multicritério de Apoio à Decisão (AMD) tem por objetivo solucionar matematicamente as incertezas na tomada de decisão, pois fazer as escolhas certas, baseadas em critérios adequados, será considerado um fator crítico de sucesso ou até mesmo de sobrevivência organizacional. O presente trabalho assume como tema a utilização de Análise Multicritério e Lógica Fuzzy na Gestão do Portfólio de Projetos de Pesquisa e Desenvolvimento (P&D) de uma Instituição Científica, Tecnológica e de Inovação (ICT) militar. O trabalho em questão consiste: (i) na aplicação do método multicritério AHP para a obtenção dos pesos dos critérios e subcritérios; e (ii) no uso de uma modelagem fuzzy para a qualificação dos projetos (alternativas) por meio de indicadores de desempenho, e posterior ranqueamento. Este trabalho apresenta uma contribuição relevante para a academia tendo em vista a escassez identificada pela pesquisa bibliométrica no que cerne a utilização do método Análise Hierárquica de Processos (AHP) na gestão de portfólio de projetos. Pode-se citar também, como contribuição, a utilização do fuzzy acoplado ao AHP, que ainda é muito pouco difundida apesar dos experimentos mostrarem sua eficiência, além da vantagem da utilização em situações em que o AHP não obteria êxito (número elevado de alternativas). Para o ambiente corporativo, o método AHP+Fuzzy representa uma solução simples e eficaz na gestão de portfólio de projetos de empresas bem como para outras decisões que apresentam características subjetivas no processo.