A fibra de sisal extraída da Agave sisalana é uma das fibras naturais mais rígidas e, portanto, requerida em diversos segmentos industriais em todo mundo, sobretudo nas últimas décadas, com o aumento das mobilizações e aplicações de leis ambientais voltadas à substituição das fibras sintéticas. Neste contexto, o cultivo de sisal em sistemas de produção de base familiar, sem manejo e em condições edafoclimáticas extremas no semiárido da Bahia – Brasil, que é o maior produtor mundial dessa fibra, tem sido explorado. Para atender as demandas de exportação da fibra de sisal, o principal desafio é controlar a podridão vermelha do caule causada por Aspergillus welwitschiae que tem ocasionado perdas de até 80 % da produção. Assim, considerando o atual sistema de cultivo de Agave, o controle biológico é a alternativa mais viável para controle dessa doença e, nesta perspectiva, o estudo do microbioma da cultura é crucial para prospectar e explorar o potencial antagônico de micro-organismos. à luz destas informações, o objetivo deste trabalho foi: i) estudar a diversidade de bactérias associadas ao sisal (Agave sisalana e do Híbrido 11648 ) por métodos dependentes e independentes de cultivo e abordagem metagenômica por NGS; ii) isolar, identificar e selecionar bactérias com potencial antagonista ao A. welwitschiae; iii) realizar estudos in vitro e in vivo com potenciais bactérias antagonistas contra a podridão vermelha do caule de sisal e avaliar também contra antracnose da banana causada por Colletotrichum musae, ampliando, assim o potencial antagonista das agentes de biocontrole (ACBs) selecionadas para controle de fitopatógenos que acometem culturas economicamente importantes que são produzidas na Bahia. Os estudos com abordagem metagenômica foram realizados a partir de bibliotecas obtidas da amplificação da região V4-V5 do gene 16S rRNA sequenciadas na plataforma Ion Torrent®; e as Unidades Taxonômicas Operacionais (OTUs) foram capazes de agrupar as sequências e classificar os principais filos presentes no microbioma de folha, caule, raiz e solo associado à rizosfera de A. sisalana e do Híbrido 11648 (Actinobacteria, Proteobacteria, Cyanobacteria/Chloroplast). O método direto (cultivo) foi utilizado para isolar e identificar representantes de Bacillus, Enterobacter e Pantoea para seleção de candidatos a antagonistas contra A. welwitschiae e Colletotrichum musae. Os testes in vitro (screening por “massive stamping drop plate”, pareamento de culturas, inibição por compostos voláteis, atividade enzimática e prospecção de genes de vias biossintética de antimicrobianos associados ao controle biológico) e in vivo (inoculação no hospedeiro: mudas de sisal e frutos de banana) permitiram selecionar as ACBs: Enterobacter hormaechei_BST80, E. asburiae_BST22, Bacillus velezensis_BLE07, Lysinibacillus fusiformis_BS29 que reduziram em 90 % a severidade da podridão vermelha do caule de sisal (cap. 3) e Bacillus velezensis_BLE07, Enterobacter cloacae_ BST50, Serratia marcescens_BS4 e Stenotrophomonas maltophilia_ BST63 que reduziram em até 97 % o progresso da antracnose em bananas (cap. 4). Estas bactérias foram positivas para genes da via biossintética de lipopeptídeos das famílias Surfactina, Iturina e Fengicina e particularmente, B. velezensis apresentou resultado similar ao fungicida comercial Tiabendazol (Tecto SC®), registrado e utilizado no controle de doenças pós-colheita, como a antracnose em banana. Este estudo é o primeiro relato da diversidade de bactérias de sisal produzida no semiárido da Bahia - Brasil, bem como da seleção e aplicação de bactérias no controle biológico de A. welwitschiae e Colletotrichum musae. Conseguimos demostrar a eficácia, a viabilidade e o potencial biotecnológico de ACBs que poderão ser empregadas por diferentes métodos (formulações e concentrações em UFC) como agentes de controle biológico pré e pós-colheita nas culturas de sisal e banana, respectivamente.