A atividade aquícola utiliza-se de grande quantidade de água na produção de organismos aquáticos. No entanto, essa prática pode causar impactos ambientais quando o efluente produzido não é tratado de forma adequada. Os nutrientes presentes no efluente de aquicultura podem causar, dentre outros impactos, a eutrofização dos corpos d’água. Assim, o objetivo deste estudo foi melhorar a qualidade da água residuária de aquicultura por meio da biorremediação, utilizando o microcrustáceo filtrador branchoneta, bem como, avaliar sua eficiência e eficácia quanto a melhoria dos principais parâmetros de qualidade de água em aquicultura e os que compõem o índice de qualidade de água – IQA. Durante 15 dias cultivaram-se as branchonetas em água residuária de aquicultura, em que foram utilizados cinco tratamentos (0; 5; 10; 20; 40 e 80 náuplios de branchonetas por litro de água) com três repetições. Ao final do cultivo, a qualidade da água foi avaliada e apresentou resultados satisfatórios para a maioria dos parâmetros (coliformes termotolerantes, DBO, nitrogênio total, fósforo total, turbidez, sólidos totais, nitrito, nitrato) exceto oxigênio dissolvido e amônia. Os parâmetros pH, alcalinidade, dureza, condutividade elétrica não apresentaram diferenças relevantes que alterem a qualidade a ponto de influenciar na qualidade da água quanto ao seu enquadramento nas águas de classe II da resolução e padrões para lançamento de efluentes em corpos da de água das resoluções do Conama 357/2005 e 430/2011 respectivamente. Já o IQA apresentou melhores resultados no tratamento controle, passando a sua classificação de ótima para boa quando se utilizou os tratamentos com branchonetas.