A aquicultura corresponde ao cultivo de animais tanto em água doce tanto em água salgada sob condições controladas sendo a atividade agropecuária que mais cresce no mundo. Por se tratar de uma atividade que ocorre dentro do principal recurso natural necessário a vida, a qualidade da água e as condições ambientais são de grande relevância para o sucesso da produção e para a sustentabilidade na aquicultura. Como qualquer atividade modificadora do ambiente, a aquicultura gera impactos ambientais que devem ser identificados, analisados e mitigados quando possível, ou utilizar alternativas que objetivem a não geração deste impacto. O objetivo deste trabalho foi avaliar os possíveis impactos ambientais negativos oriundos da aquicultura e propor medidas mitigadoras de base agroecológica afim de minimizar os efeitos ao meio ambiente, além de garantir renda extra, soberania alimentar e diminuição de custos para o pequeno produtor. Foram identificadas as atividades e os aspectos referentes a cada uma delas no setor de aquicultura do IFES – Alegre/ES, nos 20 viveiros e 6 laboratórios de pesquisa, onde foram avaliados mediante metodologia de avaliação de impacto ambiental proposta pela ISO 140001, onde através de um filtro de significância foi possível identificar os possíveis impactos e assim propor alternativas de base agroecológicas para os impactos considerados significativos. Geração de resíduos sólidos, poluição e contaminação da água foram alguns dos possíveis impactos considerados significativos onde o reuso e recirculação de água, reaproveitamento dos resíduos e uso de alimentação alternativa foram algumas das propostas de base agroecológicas, gerando subsidio para que pequenos produtores possam realizar a atividade com maior independência de insumos externos, redução de custos, possibilidade de renda e soberania alimentar.