O objetivo desta pesquisa é analisar a gestão dos custos e implantação do sistema de custos na Universidade do Estado de Mato Grosso - UNEMAT. O tema se torna relevante devido à necessidade de as organizações públicas, que prestam serviços à sociedade, busquem soluções para as limitações encontradas e adotem um modelo de gestão de custos e que para isso devem-se saber quais são, para que estudem e busquem soluções para resolvê-las e assim possam atender a legislação e a sociedade no que se refere à implementação e manutenção de sistema de custos. A análise dos resultados aponta a existência de limitações que consiste na falta de conhecimento e informações sobre o assunto por parte dos gestores e servidores envolvidos no processo; aspectos culturais para gestão de custos no setor público; resistência à mudança por parte de alguns servidores por achar que haverá aumento de trabalho sem a nomeação de novos servidores para atender a demanda e ainda algumas questões internas como a falta de recursos humanos, ausência de um sistema de informações e de um modelo para gestão dos custos, além disso, os dados provenientes de controles patrimoniais internos são ineficazes para geração de informações de custos, pois se deve adotar o principio da competência patrimonial e se este não for aplicado em sua plenitude, serão necessários diversos ajustes a partir da despesa orçamentária liquidada. Conclui-se que existem limitações que podem ser trabalhadas internamente e resolvidas, mas existem outras que dependerá de tempo, pois envolvem questões culturais que devem ser trabalhadas nas unidades para diminuição da resistência a mudança, principalmente se for para benefício da sociedade e fica proposto o método de custeio baseado em atividades (ABC). Esta pesquisa se caracteriza como qualitativa descritiva e teve como fonte de pesquisa a análise documental e a pesquisa campo tendo como instrumento de coleta de dados a aplicação de questionário contendo perguntas abertas e fechadas, realizado com servidores de todas as Unidades Administrativas da Universidade do Estado de Mato Grosso (UNEMAT).