Acredita-se que o desenvolvimento do megacólon chagásico se relacione com a perda do sistema nervoso entérico (SNE), possivelmente devido ao processo inflamatório causado pela infecção do Trypanosoma cruzi. Desta forma o presente estudo avaliou o potencial desenvolvimento do megacólon chagásico experimental, relacionando alterações na camada muscular com a perda neuronal no SNE induzida pelo processo inflamatório da parede do cólon durante a evolução da doença de Chagas. Foram utilizados 50 camundongos Swiss, machos, infectados com a cepa QM2 do T. cruzi, do qual foram avaliadas as alterações da histoarquitetura, área de deposito de colágeno, alterações na morfometria, quantificação de mastócitos e alterações na expressão das proteínas S100, GFAP e alfa-actina. As análises foram realizadas em fase aguda, após 60 dias e fase crônica após 180 dias da infecção. Em fase aguda, foi observada relação entre o aumento significativo do processo inflamatório e a presença de ninhos de amastigota, que apresentaram mesma relação durante a fase crônica. Entretanto, as analises morfométricas, comparando animais de fase aguda e crônica, não demonstraram estabelecimento do megacólon chagásico, ainda assim nas análises imunoistoquímicas, percebeu-se alteração no SNE, com aumento da GFAP e diminuição da S100, incluindo os resultados da camada muscular, mais especificadamente a alfa-actina, que sofre um aumento em sua quantidade, desde o início da infecção mostrando a sua importância no estabelecimento do megacólon chagásico.