A Natureza da Ciência (NDC) se tornou um conceito bastante discutido nas últimas décadas. Em um mundo complexo, rico em elementos científicos e tecnológicos, a centralidade do ensino de ciências muda da formação de “mini-cientistas” para um ensinar sobre ciências. Essa mudança propõe formar cidadãos preocupados e atuantes, com pensamento crítico e preparados para compreender a ciência como um empreendimento amplo, socialmente, culturalmente e politicamente permeado. A NDC pode ser abordada de diferentes perspectivas, sendo o eixo relatado como central. O Ensino de Biologia (EdB) também tem passado por transformações recentes. O debate sobre a construção de uma didática que dê conta das características únicas da biologia vem ganhando espaço na literatura. Considerando estes contextos, nos perguntamos: a NDC e a epistemologia estão presentes, se estão como estão presentes, nas discussões dos artigos de ensino de biologia brasileiro? Para responder a essa questão examinamos artigos de periódicos brasileiros sobre ensino de biologia a partir da metodologia da Análise Textual Discursiva, buscando significados e entendimentos emergentes dessas leituras. Nossa análise demonstrou que o EdB brasileiro é permeado pela NDC e pela epistemologia. Ainda, demonstramos que esses dois eixos de discussão andam frequentemente juntos nos artigos de literatura brasileira, que existem nichos aonde tais temáticas são mais abordadas e que a construção da identidade do Ensino de Biologia brasileiro está em andamento. Nossos resultados lançam luz sobre possíveis caminhos para a NDC e a epistemologia dentro do EdB e apontam que uma integração dessas temáticas está presente na literatura brasileira.