Os triatomíneos são os vetores de Trypanosoma cruzi, o agente etiológico da doença de Chagas. Esses insetos possuem uma comunidade microbiana em seu intestino que pode interferir na capacidade de transmitir patógenos. No entanto, pouco se conhece sobre o tema, pois diferentes espécies de triatomíneos com habitats distintos possuem capacidade para transmitir T. cruzi, e cada uma delas possivelmente possui microbiota intestinal diversa. Dessa forma, o presente estudo objetivou caracterizar a microbiota intestinal de triatomíneos silvestres capturados na Amazônia Oriental, comparando a diversidade microbiana entre as diferentes espécies capturadas, bem como entre os indivíduos infectados e não infectados por T. cruzi. Triatomíneos foram capturados em diferentes comunidades da zona rural do município de São Domingos do Capim-Pará, e foi extraído o DNA genômico das amostras do trato digestivo desses insetos para a pesquisa do DNA de T. cruzi por meio da Nested-PCR. Para a identificação da diversidade bacteriana do trato digestivo foi realizada a análise metagenômica, a partir da amplificação do gene 16S rRNA e sequenciamento de nova geração (NGS). No total, foram capturados 93 triatomíneos, 25 identificados como Panstrongylus geniculatus, 36 como Rhodnius robustus e 32 como R. pictipes. A frequência de infecção por T. cruzi foi de 72% em P. geniculatus e de 75% em R. pictipes e R. robustus. De forma geral, Pseudomonas foi o gênero microbiano mais abundante e mais uniforme no estudo, o que sugere uma relação de simbiose entre o táxon e as espécies de triatomíneos. Além disso, o gênero Wolbachia faz parte do microbioma intestinal das espécies analisadas e foi relatado pela primeira vez no intestino de triatomíneos do gênero Panstrongylus. Houve diferença significativa entre a microbiota de P. geniculatus em amostras positivas e negativas para T. cruzi, porém o mesmo não ocorreu em R. pictipes e R. robustus.