O vírus da influenza é um patógeno respiratório com elevado grau de transmissibilidade, infectam aves e mamíferos, incluindo seres humanos. O coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2) é outro agente causador de infecção respiratória, que também representa uma grande ameaça à saúde pública, podendo infectar também outras espécies animais. Os animais silvestres desempenham um importante papel na disseminação dessa doença, pois são reservatórios e vetores potenciais desses agentes infecciosos, sendo as aves migratórias responsáveis pela disseminação do vírus influenza por longas distâncias. A potencial participação das aves silvestres na disseminação do SARS-CoV-2 foi investigada por que, na época da coleta das amostras, não havia informações da susceptibilidade das aves ao vírus. Apenas após as análises deste estudo ficou demonstrado que as aves não são susceptíveis ao vírus. Assim, o objetivo deste trabalho é investigar a presença do vírus da Influenza Aviária e SARS-CoV-2 em aves silvestres no Estado do Piauí. Para isso foram coletadas swabs orais/traqueais e swabs fecais para investigação de ambos. As amostras foram armazenadas em lotes de micro tubos do tipo criogênicos e em seguida, depositados em botijão de nitrogênio líquido e posteriormente e congeladas em freezer a -80C. Para detecção do RNA viral foram utilizadas as seguintes técnicas moleculares: reação da transcriptase reversa, seguida de reação em cadeia de polimerase (RT-PCR), e posterior sequenciamento nucleotídeo. Foram analisadas 174 amostras de trato respiratório e digestório de aves, sendo todas as amostras negativas para ambos os vírus. Os resultados obtidos permitem concluir que o vírus da influenza não estava circulante nas aves silvestres no momento da coleta no Estado do Piaui. Por fazer parte de rotas migratórias, novos estudos com testes sorológicos e moleculares devem ser realizados para o controle e prevenção da influenza no país.