Objetivou-se determinar a prevalência de Candida spp na cavidade bucal e no intestino de crianças e adolescentes com TEA e sua relação com sintomas gastrointestinais e comportamento atípico. Foi realizado um estudo transversal, clínico laboratorial, com pacientes diagnósticados com Transtorno do Espectro Autista (TEA), com idade entre 2 e 7 anos, atendidos na Clínica de Pacientes Pediátricos com Deficiência da FOUFRJ, foram excluídas aquelas que fizessem uso de fraldas e que tivessem feito uso de antimicrobianos sistêmicos e/ou probióticos nas 2 semanas prévias a coleta dos espécimes clínicos. Coletou-se dados pessoais e médicos, foram realizados exame odontológico, avaliação de SGti por meio de um questionário e uma avaliação comportamental usando o Inventário de Comportamentos Autísticos (adaptação brasileira do "Autism Behavior Checklist"). As análises microbiológicas foram realizadas a partir de isolados da cavidade bucal e de fezes, cultivados em meio de cultura CHROMagar Candida. Os dados foram tabulados e analisados descritivamente e pelos testes t de Student, Qui² , Fischer e de Person (α=0,05%) através do programa estatístico SPSS 20.0. Como resultados obteve-se uma amostra de 26 autistas, com a média de idade de 9,52 anos, sendo 69,2% do sexo masculino. A maioria apresentou biofilme fino facilmente removido (50%) e 65,4% apresentavam alguma necessidade odontológica, sendo a restauradora a mais observada (61,5%). Cerca de 77% (76,9%) apresentavam seletividade alimentar e os SGti mais observados foram flatulência (80,8%) e constipação (65,4%). Houve uma correlação positiva entre os comportamentos atípicos e SGti, observada a partir das médias de pontos obtidas nos questionários (p=0,01). Ainda, na presença de constipação foi observado maior severidade do comportamento atípico (p=0,02). Observou-se crescimento positivo de Candida spp em 46,2% das amostras isoladas da boca e em 38,5% das amostras de fezes. Apesar não apresentar significancia estatística, pacientes com crescimento positivo na boca, tinham 5 vezes mais chances de apresentarem crescimento positivo em fezes (OR=5,13; IC= 0,92-226,57). A Candida albicans foi a espécie mais prevalente (45,4% cavidade bucal; 33,3% fezes). As espécies Candida krusei, Candida glabrata e Candida tropicalis também foram observadas. As crianças com crescimento positivo em fezes, apresentaram 2 vezes mais chances de constipação (OR=1,8; IC= 1,05-3,06) (p=0,04). Ao considerar a presença de crescimento misto de Candida (mais de uma espécie de Candida) na mesma amostra de boca, obteve-se uma maior pontuação para comportamento atípico quando apenas uma espécie presente (p=0,03). Com isso, conclui-se que, crianças e adolescentes com TEA apresentam necessidades odontológicas e biofilme fino. A colonização intestinal demonstrou uma associação com a constipação e não foi observado associação entre a colonização por Candida spp na cavidade bucal e no intestino, assim como o comportamento atípico. No entanto, nas amostras da cavidade bucal com crescimento de uma única espécie, quando camparado ao crescimento misto, observou-se maior alteração comportamental.