As antas são grandes mamíferos terrestres adaptados anatômica e fisiologicamente a quase todos os habitats e ecossistemas. Apesar de sua importância na dispersão de sementes,preservação e reconstrução de habitats, ainda são incipientes as informações sobre os ectoparasitos e agentes infecciosos que acometem estes animais. Portanto, o presente estudo teve como objetivos identificar as espécies de ectoparasitos e detectar a infecção natural por Mycoplasma spp. e Trypanosoma spp. em antas (Tapirus terrestris e Tapirus kabomani) cativas no bioma Amazônia, bem como analisar os aspectos epidemiológicos que possam contribuir para a ocorrência destes parasitismos. Para isso, ectoparasitos e amostras de sangue foram coletados de antas cativas em parques zoobotânicos, criatórios, mantenedores conservacionistas e área de compensação ambiental nos estados do Amapá, Amazonas e Pará. Adicionalmente, esfregaços de sangue periférico foram confeccionados para pesquisa microscópica dos agentes infecciosos, enquanto que amostras de sangue total foram utilizadas para hemocultura, análises hematológicas, bioquímicas e moleculares. A extração de DNA genômico das amostras de sangue foi realizada com kit comercial e a pesquisa de DNA de Mycoplasma spp. e Trypanosoma spp. foi realizada por PCR’s com iniciadores específicos. Infestações por carrapatos e pulgas foram coletados de 55% (18/33) das antas, sendo identificadas quatro espécies de carrapatos (Amblyomma cajennense, Amblyomma naponense, Amblyomma oblongogutattum, Amblyomma pacae) e três espécies e/ou subespécies de pulgas (Ctenocephalides felis felis, Rhopalopsyllus australis australis e Tunga penetrans), de acordo com chaves dicotômicas. A análise microscópica dos esfregaços sanguíneos revelou formas epieritrocitárias sugestivas de Mycoplasma spp. em 7% (2/27) das antas, não sendo encontradas formas tripomastigostas de Trypanosoma spp.. O isolamento de Trypanosoma sp. foi obtido em 4% (1/26) dos animais, enquanto que DNA de Mycoplasma spp. e Trypanosoma spp. foi detectado em 43% (12/28) e 21% (6/28) das amostras sanguíneas, respectivamente. O sequenciamento confirmou os resultados obtidos pelas PCR’s e a análise ilogenética revelou a homologia dos isolados das antas com os isolados disponíveis no GenBank. Conclui-se que o parasitismo por carrapatos, pulgas, espécies hemotrópicas de Mycoplasma e por Trypanosoma terrestris ocorrem em antas cativas no Bioma Amazônia.