O objetivo deste estudo foi investigar a associação de um polimorfismo no gene da calicreína (KLK4; rs2235091) e fatores pré, peri e pós-natais na ocorrência e gravidade da hipomineralização molar incisivo (HMI). Os participantes tinham entre 6 e 14 anos e foram divididos em um grupo com HMI e um grupo controle. O exame clínico para HMI foi realizado de acordo com os critérios da European Academy of Paediatric Dentistry e o grau de severidade foi classificado como leve ou severo. Amostras de saliva foram coletadas como fonte de DNA genômico para avaliar a associação entre o SNP rs2235091 no gene KLK4 e o fenótipo da HMI. A genotipagem foi realizada por PCR de tempo real utilizando o método TaqMan. Informações como medicamentos em uso, alterações sistêmicas ou outras complicações (pré eclâmpsia, prematuridade, internação em UTI neonatal, infecções) nos períodos pré, peri e pós-natal foram coletados por meio de uma entrevista com o responsável. Foram realizadas análises estatísticas descritivas e quantitativas (teste do qui quadrado, teste exato de Fisher e regressão logística) considerando uma significância de 5%. Um total de 199 crianças e adolescentes participaram do estudo, sendo 94 com HMI (47,2%) e 105 sem HMI (52,8%). O alelo de risco G para HMI na KLK4 foi identificado em 54,8% dos pacientes que tinham apenas os primeiros molares permanentes afetados. O uso de antibióticos em mais de três episódios durante a primeira infância foi associado à presença de HMI (p=0,042) e foi observado que o nascimento prematuro aumentou o risco de HMI grave na criança (p= 0,010). Não houve associação significativa entre a presença e a gravidade da HMI e o número de alelos de risco apresentados pelo paciente. A presença de HMI depende de fatores sistêmicos combinados com a suscetibilidade genética. A presença de HMI foi influenciada pela alta frequência de uso de antibióticos na primeira infância e sua gravidade foi influenciada pelo nascimento prematuro.