Este estudo explora os sistemas de manejo convencional e agroecológico em lavouras de café arábica, com foco na saúde do solo e na diversidade microbiana. No cenário atual, onde a sustentabilidade e a resiliência das culturas agrícolas são prioritárias, investigações sobre práticas agrícolas inovadoras são essenciais. Desta forma, objetivou-se avaliar o impacto de diferentes práticas de manejo na cultura do café sobre a comunidade de FMA e descrever o perfil microbiano encontrado em ambos os sistemas de cultivo. Além disso, analisar a comunidade de microrganismos no solo e nos frutos do cafeeiro, assim como as características químicas do solo sob os sistemas convencional e agroecológico. Para tanto, o experimento foi realizado no município de Campanha, região da Mantiqueira do Estado de Minas Gerais – Brasil, onde duas lavouras de Coffea arabica L., uma utilizando o sistema de manejo convencional (variedade Mundo novo), e outra, o sistema de manejo agroecológico (variedade Catuaí amarelo - 2SL), sofreram coletas de amostras compostas de solo e raízes finas, e do fruto em cada área de manejo. As amostras de solo foram coletadas ao redor de 3 plantas, com 5 pontos amostrados em uma área de 1 m² e profundidade de 0 a 10 cm, totalizando cerca de 300 g por amostra para análise química e microbiana. As amostras de frutos foram obtidas de 5 árvores, com 5 frutos colhidos aleatoriamente de cada uma, totalizando 25 frutos, armazenados em sacos plásticos e no gelo até o laboratório. No laboratório, as amostras de solo foram analisadas quimicamente, para contagem de esporos e avaliação da colonização micorrízica. As comunidades microbianas foram estudadas através do sequenciamento de DNA das regiões ITS1 (fungos) e 16S (bactérias) usando o kit NEBNext® UltraTM DNA Library Pre e a plataforma Illumina. As sequências foram analisadas para identificar Amplicon Sequence Variants (ASVs) com o algoritmo Divisive Amplicon Denoising Algorithm e anotadas taxonomicamente com os bancos de dados UNITE (fungos) e SILVA (bactérias). A diversidade, riqueza e abundância dos microrganismos foram avaliadas usando o software R. O sistema de manejo agroecológico apresentou maior colonização micorrízica, da mesma forma que o número de esporos, em comparação ao sistema de manejo convencional. Das 52 ASVs identificadas como FMA, 28 (54%) estão presentes exclusivamente no solo do sistema de manejo agroecológico. O manejo agroflorestal influencia positivamente os solos de lavouras de café, podendo favorecer o crescimento de bactérias fixadoras de Nitrogênio. A diversidade beta é afetada pelos sistemas de manejos. Inclusive, a evidência sugeriu que o manejo agroecológico fornece um perfil edáfico mais favorável para o crescimento vegetal, como pH equilibrado, maior teor de matéria orgânica e adequada capacidade de troca catiônica. O perfil de abundância relativa dos microrganismos indicou uma forte presença de gêneros benéficos que promovem saúde do solo e das plantações de café. Estes resultados reforçam o manejo agroecológico como uma alternativa viável e sustentável, capaz de otimizar a biodiversidade microbiana e a saúde do solo, essenciais para a qualidade e sustentabilidade a longo prazo da cafeicultura.