A Mata Atlântica e a Caatinga são biomas de grande diversidade, porém que sofrem com o desmatamento e degradação ambiental, tornando importante aprofundarmos o melhor conhecimento das espécies nativas destes biomas e o que elas podem oferecer. A madeira e seus extrativos são muito utilizados comercialmente em indústrias moveleira, farmacêuticas e cosméticas, nas áreas civil, alimentícia e agronômica. A madeira como matéria-prima apresenta vantagens pelo fato de ser um material de origem renovável, biodegradável, flexível, resistente a choques, de elevado apelo estético, diferentes densidades, reduzida expansão termal e considerável resistência mecânica. Tem sido apontado a importância de estudos químicos e farmacológicos, em plantas tropicais, pela intensa produção de metabólitos secundários nas espécies desses ecossistemas, pois apesar dessas aplicações, muitos aspectos bioquímicos e moleculares dos extrativos ainda são poucos conhecidos. O conhecimento da composição química da madeira e do percentual dos seus componentes principais, permite que o seu comportamento como matéria prima para diversos fins. O intuito desta pesquisa foi realizar a caracterização química da madeira e seus extrativos, a fim de estabelecer o perfil químico das espécies nativas dos biomas da Mata Atlântica e da Caatinga A caracterização química permitiu a obtenção dos teores percentuais de holocelulose, lignina insolúvel e extrativos total. Foram realizadas as análises de FTIR e a prospecção fitoquímica dos extrativos da madeira com o intuito de conhecer as principais classes de metabólitos secundários. A composição química das madeiras das espécies da Mata Atlântica apresentou uma média dos teores de holocelulose de 65,20% (±0,98) a 78,75% (±2,06), de lignina de 15,56% (±3,33) a 23,89% (±2,75) e de extrativos de 1,27% (±0,42) a 2,82 (±0,93) e as espécies da caatinga apresentou uma média de teores de holocelulose de 59,63% (±0,49) a 71,41% (±1,10), lignina de 16,33% (±2,42) a 23,11% (±0,16) e de extrativos de 3,79% (±0,17) a 11,38% (±0,48). A partir da análise de FTIR pode-se identificar a presença de compostos fenólicos. Através da prospecção fitoquímica constatou-se que todas as espécies estudadas do bioma da Mata Atlântica apresentaram em seus extratos hidrofílicos compostos fenólicos, flavonoides e alcaloides e todas as espécies estudadas da Caatinga apresentaram em seus extratos hidrofílicos compostos fenólicos, flavonoides, taninos, alcaloides e triterpenoides. A partir das análises realizadas pode-se concluir que o conhecimento do perfil químico das espécies da Mata Atlântica e da Caatinga tem grande relevância, pois apresentaram constituintes específicos, permitindo assim a propor um uso mais adequado das madeiras das espécies estudadas.